Η δημιουργία του εκκλησιαστικού μουσείου της Σιάτιστας επιδιώκει να εξοικειώσει τον απλό πολίτη με την εκκλησιαστική τέχνη και ταυτόχρονα να προβάλλει την εμβέλεια των πολιτιστικών σχέσεων που ανέπτυξε η ορεινή και δυσπρόσιτη Σιάτιστα με τα γνωστά κέντρα παραγωγής έργων τέχνης, όπως ήταν η Βενετία, τα Επτάνησα και η Καστοριά. Ο χώρος που φιλοξενεί το Εκκλησιαστικό Μουσείο βρίσκεται στον 1ο όροφο νεόκτιστου κτιρίου στον περίβολο του Μητροπολιτικού Μεγάρου Σιάτιστας και το εμβαδόν της αίθουσας είναι 144 τ.μ.

Τα εκθέματα, περιλαμβάνουν εικόνες, ξυλόγλυπτα, αντικείμενα μικροτεχνίας, βιβλία, άμφια και έχουν συλλεχθεί από τους ναούς και τα μοναστήρια της περιοχής. Το μουσείο ανήκει στην Ιερά Μητρόπολη Σισανίου και Σιατίστης η οποία έχει την ευθύνη της λειτουργίας του, ενώ την εποπτεία της συντήρησης των εκθεμάτων έχει η 11η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων.

Το πλούσιο αρχαιολογικό υλικό έχει συλλεχθεί από ναούς της πόλης και μοναστήρια της ευρύτερης περιοχής και συνίσταται σε εικόνες, ξυλόγλυπτα, αντικείμενα μικροτεχνίας, άμφια και βιβλία. Δύο εικόνες της έκθεσης η Παναγία Οδηγήτρια και η εικόνα με τον ύμνο «ΕΠΙ ΣΟΙ ΧΑΙΡΕΙ» χρονολογούνται στον 16° αιώνα, εποχή που προηγείται του οικισμού της Σιάτιστας. Η πρώτη ανυπόγραφη συνδέεται τεχνοτροπικά με τα πρωϊμότερα έργα της κρητικής σχολή και μπορεί να χρονολογηθεί στο πρώτο μισό του 16ου αιώνα. Η δεύτερη που είναι αφιέρωση του ύμνου στην Θεοτόκο παρουσιάζει αρκετές ομοιότητες με μια εικόνα της μονής Σινά και αποδίδεται στον Γεώργιο Κλόντζα. Οι επιρροές στη ζωγραφική εικόνων από την κρητική σχολή γίνονται πιο συγκεκριμένες κατά τη διάρκεια του 17ου αιώνα, την περίοδο που διακοσμήθηκε το τέμπλο της Αγίας Παρασκευής. Στις εικόνες αυτές παρατηρούμε την εισαγωγική δυτικών στοιχείων. Η παρουσία όμως ενός έργου του Θεοδώρου Πουλάκη με την Αποκάλυψη επεκτείνει τον προβληματισμό για το πνεύμα με το οποίο υποδεχόταν η τοπική κοινωνία τις δυτικότερες δημιουργίες. Η απουσία προγενέστερης ισχυρής παράδοσης από την μια πλευρά και η αποκατάσταση μιας μόνιμης επαφής με το καλλιτεχνικό περιβάλλον της Βενετίας από την άλλη, είναι ίσως οι λόγοι της ευκολότερης διείσδυσης και επιρροής από τη δύση. Στην δημιουργία του 18ου αιώνα εντάσσονται είτε από κάποιο δυτικομακεδονικό κέντρο είτε από την Ήπειρο.

Στον ναό του Προφήτη Ηλία εργάστηκε η επώνυμη ηπειρωτική οικογένεια Καλούδη η οποία παρουσίασε σπάνια εικονογραφικά θέματα. Εκείνο όμως που έχει ιδιαίτερη σημασία είναι η ταυτόχρονη συνύπαρξη δύο διαφορετικών τεχνοτροπιών κατά την διάρκεια του δεύτερου μισού του 18ου αιώνα στη ζωγραφική του Αγίου Ιωάννου του προδρόμου και στο ναό της Κοίμησης της Θεοτόκου: της δυτικότροπης «μπαρόκ» έκφρασης και αυτής των Ηπειρωτών μαστόρων. Τα έργα μικροτεχνίας που εκτίθενται εκπροσωπούν κατά κάποιο τρόπο και τις διάφορες καλλιτεχνικές τάσεις των εποχών που δημιουργήθηκαν. Το πιο αξιόλογο είναι ένα κάλυμμα Ευαγγελίου, το οποίο φιλοτεχνήθηκε ως αφιέρωμα του Κυριάκου Αδάμου και συνοδεύεται από τυπωμένο κείμενο του 1590. Ο τρόπος επεξεργασίας των μορφών στις σκηνές που παρουσιάζονται φανερώνει τη γνώση του καλλιτέχνη τόσο της εικονογραφίας όσο και της φύσης του υλικού. Η κεντητική τέχνη εκπροσωπείται από διάφορα λειτουργικά άμφια, τα οποία χρησιμοποιήθηκαν ως καλύμματα των τιμίων δώρων. Προέρχονται από το ίδιο εργαστήρι και τα έχει φιλοτεχνήσει ένα χέρι. Η εικονογραφία των παραστάσεων έχει σχέση με δυτικά πρότυπα, τα οποία παρατηρήθηκαν κυρίως στα Επτάνησα. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει και η συλλογή τυπωμένων βιβλίων και χειρογράφων της μητρόπολης με πιο αντιπροσωπευτικό τον κώδικα του Ζωσιμά και ορισμένων δερματόδετων χειρογράφων με θεολογικό και φιλοσοφικό περιεχόμενο. Τα περισσότερα βιβλία έχουν τυπωθεί στην Βενετία και την Κωνσταντινούπολη σε γνωστά τυπογραφεία του 17ου και 18ου αιώνα.